R - Tablas de Contingencia 2x2

Para crear una tabla 2x2

• Opción 1:
  

> datos2 = matrix (data = c(740,260,350,650), ncol=2, nrow=2)
> datos2
          [,1]  [,2]
     [1,]  740   350
     [2,]  260   650

• Opción 2
  

> prueba = c(340,100,400,160)
> prueba2 = matrix(prueba, byrow=T,ncol=2)
> prueba2
     [,1] [,2]
[1,]  340  100
[2,]  400  160

Lo siguiente sería renombrar las filas y columnas.

> colnames(datos2) = c ('cases','controls')
> rownames(datos2) = c ('exposed','noexposed')

Para calcular rápidamente los estadísticos Chi-cuadrado, P-value y hacer el contraste de hipótesis correspondiente solo necesitamos la siguiente función:

> prop.test(datos2)

        2-sample test for equality of proportions with continuity correction

data:  datos2 
X-squared = 305.1134, df = 1, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: two.sided 
95 percent confidence interval:
 0.3518061 0.4345635 
sample estimates:
   prop 1    prop 2 
0.6788991 0.2857143

Para calcular Odds ratio, Risk ratio y otros datos muy utilizados en epidemiología es interesante instalar el paquete (epiR). La función a utilizar es la siguiente:

> epi.2by2(datos2, method="cohort.count")
             Disease +    Disease -      Total        Inc risk *        Odds
Exposed +          740          350       1090              67.9        2.11
Exposed -          260          650        910              28.6        0.40
Total             1000         1000       2000              50.0        1.00

Point estimates and 95 % CIs:
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Inc risk ratio                         2.38 (2.13, 2.65)
Odds ratio                             5.28 (4.34, 6.44)
Attrib risk *                          39.32 (35.28, 43.36)
Attrib risk in population *            21.43 (17.77, 25.09)
Attrib fraction in exposed (%)         57.92 (53, 62.32)
Attrib fraction in population (%)      42.86 (37.88, 47.44)
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 * Cases per 100 population units